在成长的道路上，每一个孩子都不可避免的会遇到一个人——老师，相信我们每个人都不喜欢这个人，因为他总是在教育我们，给我们布置作业，给我们做试题，偶尔还会找家长告状，我们每个人都曾对老师不满，却有不能反抗。令我们深感无奈，但这里却有一个例外。
《救命，我把老师缩小了》中的菲利克斯是德国的一个小男孩，十二岁的他特别淘气，已经被多所学校开除，在这个城市中，只剩下一所学校愿意给他机会，如果他不能留下来，等待他的就只有搬家一途了。这天是他到学校上课的第一天，很不幸，他和爸爸都起床晚了，他们着急忙慌的出门，闯了红灯依旧迟到了。这所学校很怪异，到处都是静悄悄的，看不到一个学生，甚至看不到一个人影，如果不是门口挂的牌子，他们肯定会认为自己走错了地方。学校的校长也显得很与众不同，太严厉，不苟言笑，一切都是按照原则办事，在把这对父子晾了很久之后，终于告诉菲利克斯，在这里不管他以前的表现如何，如果能通过这里就的考试，他就可以留下来。在这个奇葩学校的宗旨竟然是接受引导，学校的规矩同样令人无语，不允许打闹嬉戏，只能轻轻的呼吸和学习，不过看在这是他唯一的机会的份儿上，也为了他自己的飞行员的梦想还是要努力留下来的，但这一切似乎并不如意。
上数学课时，他要被严苛的老师教训，下课后还遭遇了以教育局局长儿子为首的“老大”团体，提出菲利克斯想加入他们，必须要进行勇气测试：晚上到传说中闹鬼的老教室去，否则他就是胆小鬼。尽管菲利克斯想老老实实度过视察期，但显然他更不愿意胆小鬼的名头落在他的头上，当晚他就去了老教室，并且无知者无畏，对这里几乎一无所知的他不但不害怕还被屋子里的陈设吸引，但很不幸的是，他被还在批改作业的校长大人抓了个正着。想想校长大人的严苛，估计大家都能猜到要发生什么事了，没错，校长当然训斥了菲利克斯，并且断言他肯定不会被录取，这下菲利克斯就对老师非常不满，他在心里诅咒要把老师变小，神奇的是，老师真的变小了，但菲利克斯并没发现他的这一神奇能力，不明所以的他还把慌乱中的藏到他书包里的校长大人带回了家里。
经过变小噩梦的校长大人决定对菲利克斯摊牌，让他帮助自己变大。第二天，菲利克斯醒来后，惊讶的发现了迷你的校长大人。不过菲利克斯还是一个善良的孩子，并没有想要报复校长大人，还为校长大人做了凝乳面包，虽然差点把校长淹死在凝乳里。不过我们的校长大人大概不明白什么是虎落平阳被犬欺，即使变成了15厘米的小人竟然威胁菲利克斯要把他开除，当即就被菲利克斯扔到了垃圾桶，不过不忍看到校长被扔到垃圾场还是把她捡了回来。等他们回到学校，正好遇到教育局长带人进来参观改造学校，菲利克斯在校长以把他开除为条件威胁他把教育局长赶出去，不过，教育局长人是走了，但留下了话：学校因为学生太少他要把学校关闭。这所学校可是菲利克斯最后的机会，所以他要校长帮他作弊，通过考试录取他，挽救学校。所以他把校长藏在文具盒里，让校长帮他做题，然而校长却非常遵循她的原则，不愿意帮忙，宁愿因此学校被关闭。
不过，今天他古怪的行为引起了他的同学艾拉的注意，发现了校长被变小的秘密。于是，菲利克斯和艾拉一起回到老教室，准备帮校长恢复原样，然而，菲利克斯的能力没有了，他不能把校长变回来，他们回忆那天到底发生了什么，当校长说到“学校要被关闭”时，一个盆里突然着火了，他们猜测一切都跟盆里的小球有关。这个老教室里全是学校创始人的收藏，想要解开谜题，只能查找创始人的资料，于是，他们一起来到校长家里。很幸运，他们发现了学校的秘密：一个想把学校变得更优秀的疯子，为了与所有反对他把课堂更优秀的坏人抗争，配置了一种魔法药水，把灵魂俯身在学校里。真相大白：校长被变小是因为他虽然为了学校一直兢兢业业，但她并不被学生喜欢，而且她固执坚持原则，已经危及到了学校的生存，所以她被一个一切为了学校的疯子当做了敌人。校长明显被现实打击到了，她开始反思自己的所作所为。
第二天他们回到学校想要阻止学校倒闭的事情时，不幸的遇到了找茬的教育局长的儿子，他把校长当成玩偶抢走了，学生和学生始终还是有差别的，局长儿子无意间发现玩偶是校长本人后，开始对校长进行了折磨，校长的处境岌岌可危，幸好菲利克斯和艾拉及时赶到成功救出了校长。但是回到学校的他们想尽办法还是无法把校长变回来挽救学校，就在他们无计可施之时，疯子把教育局长也变小了，同时把局长和校长都带到了地下空间。
菲利克斯和艾拉为了拯救校长，他们进入了地下室，并发现了他们之前推测的地下游乐场，这里可以玩乐中学习，他们通过答题通关的方式，成功救出了局长和校长。经此一事，局长和校长做出永远不关闭学校的承诺后变了回来，学校的宗旨变为了有学生引导学校发展，菲利克斯被成功录取，校园也大变样，一切都在向更优秀靠近，而学校仍一直在疯子的守护之下。
故事到这里就结束了，老师变小后，菲利克斯选择帮助老师，局长儿子选择报复老师，假如你能把老师缩小，你想对他做些什么呢？
